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我校拥有30多年的研究生培养历史，是国务院学位委员会首批（1981年）确定的硕士学位授予点单位。目前，学校拥有硕士学位授予权一级学科（类别）5个，二级学科（领域）22个，1个博士后创新实践基地。现有博导资格教师25人，硕士研究生导师259人，在校研究生626人（含国内外联合培养研究生231人）。
学校学科门类齐全，现有艺术学、文学、管理学、教育学、经济学、法学、工学、医学、理学、农学等10个学科门类。拥有四川省重点学科5个（含四川省医学重点学科2个，重点专科2个），成都市重点学科5个。按照“对照一流标准，强化优势特色，面向重大需求，加强绩效管理”的原则，经过多年的建设发展，正逐步形成生物医药、动漫与文化创意、智慧制造与城市建设、城乡教育四大特色鲜明的学科群。
硕士学位授权一级学科：药学、工商管理
硕士专业学位授权点：农业、艺术、教育
四川省重点学科：微生物与生化药学
四川省医学重点学科：骨外科、泌尿外科
四川省医学重点专科：呼吸内科、胸心外科
成都市重点建设学科：教育、建筑与土木工程、控制工程、护理、汉语国际教育